Le groupe d’experts qui a récemment lancé le projet African BioGenome Project (AfricaBP) prévoit de collecter plus de 100 000 espèces végétales et animales à l’usage des sélectionneurs.
Selon les défenseurs de la biodiversité, la collecte et le stockage des informations génomiques des plantes, des animaux et d’autres espèces en Afrique pourraient sauvegarder la biodiversité et permettre de produire des denrées alimentaires de façon résiliente et durable.
Dans le cadre d’une nouvelle initiative appelée « African BioGenome Project » (AfricaBP), ils prévoient de collecter plus de 100 000 espèces de plantes et d’animaux, en développant un stock de génomes de référence que les sélectionneurs pourront utiliser.
AfricaBP
L’initiative vise à former les scientifiques locaux aux nouvelles technologies génomiques afin de renforcer la capacité du continent à conserver au moins 90 % de la diversité génétique de toutes les espèces connues d’ici à 2030 – un objectif du cadre mondial pour la biodiversité post-2020.
Selon un article publié dans Nature, l’initiative a réuni 109 scientifiques et 22 organisations des cinq sous-régions de l’Union africaine après son lancement en juin 2021.
« Chaque fois que j’ai cherché dans une base de données des espèces d’origine africaine, je n’en ai pas trouvé beaucoup », a déclaré ThankGod Ebenezer, coprésident d’AfricaBP et bioinformaticien au Laboratoire européen de biologie moléculaire, en expliquant l’une des principales raisons de la mise en place de l’initiative. « Les quelques génomes qui ont été séquencés ne l’ont pas été sur le continent africain » a-t-il ajouté.
Séquençage d’espèces endémiques
Ebenezer a déclaré à SciDev.Net qu’AfricaBP vise à séquencer les espèces endémiques et indigènes qui ont une importance scientifique, économique et culturelle sur le continent. Le séquençage du génome est une procédure de laboratoire permettant de déterminer la composition génétique d’un organisme spécifique.
Selon Ebenezer, l’équipe a déjà séquencé un génome – celui du serpent aveugle à bec de Boyle (Rhinotyphlops boylei) – et a retenu 35 autres espèces sur une liste restreinte, qu’elle séquencera dès qu’elle aura reçu des échantillons dans un laboratoire.
2 500 espèces à séquencer
L’objectif est de séquencer au moins 2 500 espèces au cours de la phase pilote du projet, et les chercheurs se sont associés à des initiatives mondiales en matière de génomique, telles que le projet 10KP, le projet sur les génomes des vertébrés et le projet sur le biogénome terrestre.
« Toutefois, l’initiative aura besoin d’un milliard de dollars américains au cours de la prochaine décennie pour passer à l’échelle supérieure », a déclaré M. Ebenezer. L’initiative espère obtenir des fonds de bailleurs de fonds internationaux.
Bien que l’Afrique subsaharienne abrite environ 45 000 espèces végétales et constitue la deuxième plus grande diversité végétale mondiale après l’Amérique du Sud, peu d’espèces africaines ont été séquencées.
Discussions sur la génomique
Anne Muigai, présidente d’AfricaBP et professeur de génétique à l’université Jomo Kenyatta d’agriculture et de technologie au Kenya, a déclaré que la plupart des discussions sur la génomique comme outil de conservation de la biodiversité ont eu lieu en dehors du continent africain.
« De nombreuses décisions ont été prises au sujet de l’Afrique et de la biodiversité africaine sans que les Africains eux-mêmes ne participent à ces discussions », a déclaré M. Muigai.
Lacunes dans les technologies génomiques
M. Muigai a expliqué que l’initiative vise à combler le fossé en matière de technologies et d’expertise génomiques sur le continent et à relever les défis liés au départ à l’étranger d’Africains hautement qualifiés en raison du manque de laboratoires sur le continent.
« Nous voulons former environ 60 bioinformaticiens et génomiciens chaque année au cours de la prochaine décennie, élever suffisamment de jeunes scientifiques africains compétents dans les nouvelles technologies génomiques et capables de travailler sur le continent, et construire des technologies génomiques de pointe », a déclaré Muigai à SciDev.Net.
Un projet stimulant à tout point de vue
Andrew Kiggundu, un biotechnologue végétal du Centre national de biotechnologie agricole en Ouganda, qui ne fait pas partie d’AfricaBP, a déclaré que le projet est un aspect important de la conservation moderne des séquences d’ADN et stimulera les efforts de sélection végétale et animale sur le continent.
« La nouvelle technologie d’édition de gènes repose sur une compréhension approfondie des changements de séquence qui pourraient avoir été causés par des mutations », a expliqué Kiggundu.
« Plus nous avons de séquences, plus nous comprenons l’évolution et sommes en mesure d’effectuer la correction génétique, et même la thérapie génique pour pouvoir sélectionner de meilleures variétés et même traiter les maladies. »
Par John Agaba.
Ce rapport a été publié pour la première fois par SciDev.net.
